白色果实主要含有黄酮类化合物，主要成分有山奈酚、槲皮素、芦丁、白果苷、银杏黄酮等。还含有奎宁酸、银杏酚酸、银杏酚等酚类有机酸，以及姜酚、蛋白质、脂肪、碳水化合物、钙、磷、铁、胡萝卜素等。

其毒性成分为bilobanol，种子中含有少量的花青苷、赤霉素和动力精。还从胚乳中分离出两种核糖核酸酶。

一般由蛋白质6.4%、脂肪2.4%、碳水化合物36%、糖6%(主要是蔗糖)、钙10mg、磷218mg、铁1mg%、胡萝卜素32g %、核黄素50 g%和各种氨基酸组成。种皮含有白果酸、氢化白果酸、氢化白果酸、白果醇、白果醇等有毒成分。

它含有天冬氨酸、甲酸、丙酸、丁酸、辛酸、二十九醇-10等。银杏之所以会发出臭味，是因为果实的果皮中含有大量的氢化白果酸和银杏黄酮，臭味是这两种物质混合而成的。