进化论最大的缺陷是超自然现象。在达尔文的《物种起源》中，他提出了有机体和器官不断发展的理论。它还提供了一个验证这个理论是伪理论的测试：“如果我们能证明任何复杂器官的存在，它们可能不是通过无数次连续的小修改形成的，我的理论肯定会崩溃。”
从21世纪开始，通过对细胞和分子生物学的深入研究，发现每个细胞都不可能通过达尔文的检验。因为每个器官要想发挥作用，都依赖于复杂的生物结构。即使是生物大分子本身也有无法逐渐增加的复杂性。
后来在1851年，他的女儿安妮去世后，达尔文的信仰减少了，他更倾向于怀疑主义。当被问及他的宗教取向时，他指出，他从来不是无神论者，但不可知论是对他思想更准确的描述。达尔文在自传中也说福音书的真实性值得怀疑，他没有足够的证据相信基督教是上帝的教义。
1951年，美国一家报纸首次刊登了一篇作者不详的文章，《The Lady Hope Story》。作者提出达尔文在弥留之际再次信仰基督教，但遭到达尔文的后人和历史学家的否认。他女儿说达尔文已经不信仰基督教了，这不过是那些神创论的鼓吹者用来宣传神创论的一些手段罢了。
