主要负责根据风险评估制定审计计划；控制测试涉及的材料及相关岗位包括但不限于财务部人员；制定修改实质性测试的具体计划；进行具体的实质性测试等等。
会计师事务所审计部门应当做好以下工作：
根据风险评估，制定审计计划；
根据审计计划执行控制测试(如有必要)；
控制测试涉及的材料及相关岗位包括但不限于财务部人员；
根据控制测试的结果，制定/修订实质性测试的具体方案；
执行具体的实质性测试；
完成现场审核，并与公司管理层就初步审核进行沟通；
完成审计报告草案；
内部三级审计程序；
向被审计单位发布审计报告草案，征求意见；
出具审计报告。
在我国，审计部门有三种，一种是国家审计，一种是单位内部审计，一种是社会审计。
审计部——一般指国家审计机关。通俗地说，审计就是查账，即通过检查账目和相关资料，监督(即督促)被审计单位履行职能，遵守法律法规，执行党和国家的经济方针政策。国家审计机关属于最高级别的经济监督部门，是行政法人。可以这样理解，审计部门是专职监督部门，是专职经济监督部门，是最高专职经济监督部门。所谓最高级别，就是它在所有经济监督部门中的监督级别最高，其他所有经济监督部门都在审计部门的监督之下。
单位内部审计属于单位内部机构，不具有法人资格。它主要侧重于本单位管理层的管理和决策。这种审计往往是亡羊补牢，或未雨绸缪，或指点迷津，主要是为单位服务，其职能设置也是组织的授权或管理层的临时授权。其工作内容主要是通过对单位的经济数据进行检查和分析，完成符合性测试或实质性测试，以达到审计目标。
社会审计机构属于社会法人，其审计行为往往是被动的。他们只接受委托进行审计，向社会提供审计服务。他们是市场中的一种服务机构。其工作主要是利用审计的专业技能提供委托人要求的服务。客户的需求就是它的工作目标。工作的主要内容是财务鉴证、财务核算、财务分析、成本预测、债权债务核实、资产评估等经济核算工作。
《公司法》规定了审计人员的职能，主要是对公司财务报表进行验证、审查和更正，保证公司资产负债表、损益表以及一系列会计报表的真实性和正确性。审核员的工作内容：
1、审核企业各项财务制度的执行情况，协助审计主管拟定审计计划或方案。
2、负责完成资产、负债、收入、成本、费用、利润等单项业务的审计；
3、根据审计程序和审计计划获取充分的审计证据，支持审计发现和审计建议，为企业运营提供成长服务；
4、审核财务收支项目、费用及报销等。5、审核发票、凭证、账簿、报表的真实性，是否符合企业财务制度的要求；
6、核对、复核审计证据，并提出个别审计评价意见；
7、对所有涉及的审计事项编制内部审计报告，并提出处理意见和建议。
