《九怨》的故事发生在平安时期。这个时代存在于日本的文学和影视作品中，这些作品往往被描述成怪诞的，甚至是恶魔的。因此，它是恐怖故事的绝佳温床。游戏分为三章，三个主角。玩家在操纵《阴魂之章》中的主角“飘月”时，会对故事产生困惑，甚至会稀里糊涂地看到过程，直到自己身在《阴魂之章》中。
剧情设定很严谨，多角度呈现也很精彩，这也是《九怨》的故事被人津津乐道的原因。因为桑葚双子的阴谋，年轻的浮月失败，导致妹妹暮光从悬崖上摔下而死。然后在双子座的诱惑下，把妹妹的尸体放在有蚕的笼子里，试图通过秘术让她复活，但是死而复生只是暂时的。如果你不继续与其他生命融合，那么你身体的皮肉就会逐渐溃烂，这也导致暮光之城一次又一次重复秘术，逐渐失去自我，滥杀无辜。最后连自己的亲妹妹都能推下悬崖。姐姐以为只要重复融合九次就能完全复活，再也不用受皮肉溃烂之苦了。但其实九怨秘术的真正作用并不是起死回生，而是桑葚精用来繁衍生息的方法。
