引物在DNA复制开始时用作DNA聚合酶的结合位点。在细胞外条件下，DNA复制只能通过引物启动。两条合成的寡核苷酸序列，一条引物与感兴趣区域一端的一条DNA模板链互补，另一条引物与感兴趣区域另一端的另一条DNA模板链互补。
PCR反应中有两个引物，即5’端引物和3’端引物。引物是基于单个DNA链(通常是信息链)设计的，5’端引物与位于待扩增片段5’端的短DNA序列相同。3 末端引物与位于3 要扩增的片段的结尾。
扩展数据
引物设计的基本原则：
1、引物长度：15-30bp，一般20bp左右。
2、引物碱基：G C含量为40-60%，G C太少导致扩增效果差，G C太多导致非特异性条带。ATGC最好随机分布，避免超过5个嘌呤或嘧啶核苷酸的成串排列。
3、引物不应具有互补序列。
4、两个引物之间应该没有互补序列，尤其是3 应该避免结束。
5、引物与非特异性扩增区的序列具有不超过70%的同源性，并且在3 引物的末端在待扩增区域之外不能有完全互补的序列。
