在冰河时期，寒冷的气候使水冻结在地球的冰盖和冰川中。由于淡水和海水的相互侵蚀，在钙质层中形成了许多岩溶洞穴。蓝色洞穴的位置曾经是一个洞穴。由于重力和地震，多孔石灰质圆顶塌陷成圆形开口，成为竖井。当冰雪融化，海平面上升时，海水回流到竖井中，从而形成了湖泊镶嵌在大海中的奇特景观。

蓝洞是地球上罕见的自然地理现象。从海面上看，蓝洞呈现出与周围水域不同的深蓝色，在海底形成一个巨大的深洞。它被科学家誉为地球为人类保守宇宙秘密的最后遗产。世界上已探明的海洋蓝洞深度排名依次为：三沙永乐龙洞(300.89m)、巴哈马长岛迪恩斯蓝洞(202m)、埃及哈达布蓝洞(130m)、洪都拉斯伯利兹蓝洞(123m)、马耳他戈佐蓝洞(60m)。