为进一步减轻农民负担，规范农村收费行为，中央明确提出改革现行农村税费制度，从2001年开始在部分省市逐步试点推广。其主要内容可以概括为“三取消、两调整、一改革”。“三取消”是指取消乡统筹、农村教育集资等专门向农民收取的行政事业性收费、政府性基金和集资；取消屠宰税；取消劳动积累工和义务工的统一规定。“两个调整”是指现行农业税政策的调整和农业特产税政策的调整。“一改”是指对现行村规民约的征收和使用进行改革。
农村税费改革表面上看只是减轻了农民的负担，实际上并没有。农村税费改革的实质是按照市场经济和法治的要求，规范国家、集体和农民之间的分配制度，是国家层面分配领域的重大改革。农民负担问题十分复杂和艰巨。
农村税费改革关系到农民的切身利益。这是党中央、国务院规范农村分配制度，遏制乱收费、乱集资、乱罚款和乱摊派，从根本上解决农民负担问题的重要举措。这对维护农村社会稳定、改善党群关系具有重要意义。
毕竟，在农村税费改革启动之前，农民负担还是“乱”的，表现在主体、项目、标准、程序、监管的乱。农村税费改革试图用法治的手段规范农村分配制度，遏制乱收费、集资、罚款和各种向农民摊派的行为，从根本上解决农民负担过重的问题。在分配上，它是理顺和规范国家、集体和农民利益关系的重要举措。这就涉及到农村税费改革和家庭联产承包责任制的关系。
农村税费改革试点期间，取消农业特产税和减免农业税后，从事种植业、养殖业、渔业的个人或家庭不再征收个人所得税，经营项目归入农业税(含农业特产税)和牧业税范围。各地要认真贯彻落实本通知的有关规定，广泛宣传国家农村税收政策，切实减轻农民负担，增加农民收入，大力支持农村税费改革。
任何改革都不是一帆风顺的。不言而喻，农村税费改革的巨大成就，赢得了农民的热情拥护和支持。但是，在充分肯定成绩的同时，也要看到税费改革后诸多不容忽视的问题。
1.乡村债务庞大，解决债务难度大。
由于地方经济发展缓慢，财政困难，维稳与求发展的矛盾突出。同时，不少地方和有关部门债务风险意识淡薄，监管不力，管理混乱。多年来，农田建设、水利和贷款造成了巨额的乡村债务，这些债务用于用水泥路连接每个村庄的项目、道路建设和维护、农村教育和救济。
2.基层收入很少，组织正常运转困难。
